内蒙古医科大学于1978年开始招收硕士研究生，1981年获得硕士学位授权资格，2003年获批临床医学专硕授权点，2011年获批临床医学一级学科硕士授权点。2005年开始与首都医科大学等高校联合培养博士研究生，2018年获批博士学位授予单位，2023年学校获批中医学博士后科研流动站。

学校现有中医学（蒙医）博士学位一级学科授权点，临床医学博士专业学位授权点；有生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中医学、药学、中药学、护理学、公共管理学10个硕士学位一级学科授权点；有临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学、中医、公共管理7个硕士专业学位授权类别。截至2024年12月，学校共有在籍在校研究生3509人，研究生导师（一导）900人。（2025年2月更新）